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德州大学与华中科大研究组颁发《Cell Reports》封

发布时间:2017-11-21 00:00

11 月 14 日,细胞出版社旗下期刊《细胞·报告》(Cell Reports)以封面文章发表了题为“A Pan-cancer Analysis of the Expression and Clinical Relevance of Small Nucleolar RNAs in Human Cancer”的论文,揭示了核仁小 RNA 在癌症中的分型和临床相关性及其功能。据悉,这是德州大学休斯敦健康科学中心韩冷教授、德州大学 MD Anderson 癌症中心 Lin Chunru 教授和华中科技大学郭安源教授合作的最新研究成果。论文第一作者包括德州大学的龚静博士和华中科技大学的柳纯洁博士生。

核仁小 RNA(snoRNA)是长度在 60~300 个碱基的非编码 RNA。它们能够结合核糖核蛋白(RNPs)形成稳定的 RNA 蛋白复合体 snoRNP,指导核糖体 RNA 的甲基转移和假尿苷化,调控 RNA 可变剪接。人类基因组中编码有 1500 多个 snoRNA。最近研究发现 snoRNA 参与癌症的发生发展,但癌症中 snoRNA 的作用尚无系统研究,snoRNA 与癌症的临床相关性也不确定。

该文中,作者基于美国癌症基因组图谱计划 TCGA 项目中的小 RNA 测序数据,开发生物信息计算方法,鉴定 snoRNA 在不同癌症中的表达量。研究人员检测出高表达的 snoRNA 及其对应的核糖核蛋白,同时对 31 种癌症超过 10000 个癌症样本的临床数据、拷贝数变异和甲基化进行关联分析。研究发现 snoRNA 的表达受到其宿主基因、拷贝数变异及 DNA 甲基化等多种复杂调控。对高表达 snoRNA 进行非监督聚类分析,发现 snoRNA 表达聚类的亚型与现有的临床或分子分型高度一致,表明 snoRNA 可以作为一类新型的分型标志物。进一步筛选,发现 46 个 snoRNA 与 18 种癌症的生存、亚型及分期有显著的相关性。功能验证发现 SNORD46 这一 snoRNA 能够促进细胞增殖、转移和侵染,证实了研究结果。

为了共享这些 snoRNA 的分析结果,研究人员还构建了一个用户友好的在线数据服务网站 SNORic(http://bioinfo.life.hust.edu.cn/SNORic),这将极大地方便全世界相关研究人员和促进该领域的发展。该研究为进一步解析 snoRNA 的重要功能打下了坚实的基础,同时突出了 snoRNA 作为癌症生物标志物或治疗靶标的潜力,为癌症研究提供了新的思路和重要数据资源。

据了解,韩冷教授(实验室网站 https://med.uth.edu/bmb/labs/han/labnews/)一直致力于利用生物大数据研究癌症和心脏病等复杂疾病的致病机理。近 5 年来,其研究团队利用 The Cancer Genome Atlas 的大规模数据深入研究了 RNA editing、lncRNA、pseudogene、alternative polyadenylation、snoRNA 在癌症中的作用。在 Cancer Cell、Nature Communications、Journal of the National Cancer Institute、Trends in Genetics、Cell Reports 等杂志发表数篇论文,被引用超过 4000 次。

郭安源教授(实验室网站 http://bioinfo.life.hust.edu.cn/)在生物信息领域颇有建树,发展了转录因子与 miRNA 在复杂疾病中的共调控网络研究方法,建立和持续维护升级了 AnimalTFDB、miRNASNP 和 lncRNASNP 等一系列在国际上有一定影响力的专业数据库,在白血病等癌症中系统研究转录因子与 miRNA 的调控机制,发现重要调控分子。2017 年已在 Nucleic Acids Research、Cell Reports、Briefings in Bioinformatics 和 Theranostics 等 SCI 杂志发表论文 5 篇。近 5 年来,在 Cancer Research 和 Nucleic Acids Research 等杂志发表论文 20 多篇,被引用 1500 多次,多篇论文获评高被引论文。教学和指导学生方面,主讲多门专业课,获得教学质量二等奖和优秀班主任等称号,指导学生获得湖北省优秀博士论文和学士论文等。

参考文献:

Jing Gong, Yajuan Li, Chunjie Liu, Yu Xiang, et al. A Pan-cancer Analysis of the Expression and Clinical Relevance of Small Nucleolar RNAs in Human Cancer. Cell Reports (2017). Cell Rep. 2017 Nov 14;21(7):1968-1981. doi: 10.1016/j.celrep.2017.10.070.

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